زمانی برای امضای قائم مقامی رهبری، خدمت حضرت آیت‌الله بهاءالدینی می‌رسند، ایشان امضا نمی‌کنند. هر چه از فرستادگان آقای منتظری اصرار از ایشان انکار، تا آنجا که خود آقای منتظری شخصاً خدمت ایشان می‌رسد و تمام کتاب‌هایی را که درباره ولایت فقیه نوشته است، جلوی روی آقای بهاءالدینی می‌چیند. آیت‌الله بهاءالدینی تمام کتب را جمع می‌کنند و به آقای منتظری می‌گویند: "ولایت‌فقیه نوشتنی نیست، فهمیدنی است بعد که از ایشان می‌پرسند: آقا چرا ایشان را تأیید نکردید، مگر شخص دیگری هم می‌تواند؟ می‌فرمایند: نظر ما سیدعلی خامنه‌ای است. آقای بهاءالدینی فرموده است: "البته هیچ کس حاج‌آقا روح‌الله نمی‌شود، ولی آقا سیدعلی خامنه‌ای حقیقت ولایت‌فقیه هستند و رهبر. از همه به امام نزدیک‌تر است. کسی که ما به او امیدواریم، آقای خامنه‌ای است. شما از ما قبول نمی‌کنید، ولی این دید ماست، نزد ما محرز است آقا سیدعلی خامنه‌ای رهبر آینده هستند.

حجت الاسلام و المسلمین پناهیان با بیان خاطره‌ای درباره عیادت مقام معظم رهبری از آیت‌ا... بهاء‌الدینی گفت:
آیت‌ا... بهاءالدینی از این دیدار بسیار به وجد آمدند و به مقام معظم رهبری با عنوان «السلام علیک یا ودیعة‌ا...» سلام دادند؛
این در حالی بود که مقام معظم رهبری از نظر سنی جای پسر آیت‌ا... بهاءالدینی به حساب می‌آمدند.